祁连圆柏是祁连山高海拔山区的主要造林树种，在幼龄期生长较快。病虫害的侵扰会对祁连圆柏造成非常大的威胁，导致生长缓慢。

1、锈病防治

祁连圆柏为我国特有树种,在西北地区和西南地区有广泛的分布，圆柏梨锈病危害植株，预防需要在冬季清理枝叶，防止虫卵越冬。发生病害，可在5月份喷洒1%等量式波尔多液，加强林间通风透光。

2、虫害防治

3月中旬至4月中旬，是成虫羽化、幼虫孵化期，要做好虫害的防治工作。大蚜虫、七星瓢虫等都会危害枝叶，要及时喷药查杀，适当修剪，增加通风透光，减少冲哈滋生。

3、叶枯病防治

圆柏叶枯病是近年来常发生的病害，发病初期叶子变黄绿色，最后变成枯黄色，病斑向下蔓延会危害嫩枝，造成针叶早落，可喷洒80%的抗菌素402的100倍液，加强抚育管理，控制病害的发生。